Kawilarang merupakan satu-satunya perwira yang tidak segera diberhentikan secara tidak hormat dari militer oleh pemerintah pusat atas partisipasinya dalam Permesta dan PRRI, karena pemerintah pusat masih berharap dia berubah pikiran. Namun Kawilarang memutuskan mendukung Permesta dan menjabat sebagai Panglima Angkatan Bersenjata Permesta. Kendati banyak petinggi di Permesta yang merasa diri mereka senasib sepenanggungan dengan PRRI namun Kawilarang menentangnya dan menganggap bahwa tujuan politik keduanya berbeda.
Pada tahun 1961 pasukan dari pemerintah pusat yang terdiri dari para mantan perwira bawahan Kawilarang berhasil meredam perlawanan Permesta hingga akhirnya konflik terselesaikan secara damai lewat upaya F. J. Tumbelaka. Selama periode April hingga Mei 1961 dilaksanakan beberapa upacara sebagai tanda penerimaan secara resmi pasukan Permesta oleh pemerintah Indonesia.
Pada upacara tanggal 14 April 1961 yang dihadiri Mayjen Hidayat dan Brigjen Achmad Yani dari TNI, Kawilarang turut berpartisipasi setelah sebelumnya tercapai kesepakatan bahwa pasukan Permesta akan membantu TNI menghadapi komunis di Jawa. Di kemudian hari, Kawilarang menyesal saat Nasution tidak menepati janji.
Kawilarang setelah bercerai dengan istri pertamanya kembali menikah dengan Henny Olga Pondaag yang merupakan mantan istri Ventje Sumual dan memperoleh seorang anak yang dinamakan Pearl Hazel Kawilarang. Kemudian pada upacara di Manado tanggal 29 Juli 1961, dirinya menerima amnesti dan abolisi dari Presiden Soekarno lewat Keputusan Presiden atau Keppres 322/1961. Setelah namanya direhabilitasi dan berbagai tuduhan resmi yang menyatakan dirinya sebagai pemberontak dihapus, Kawilarang memutuskan pensiun dari dinas TNI dengan pangkat yang diturunkan menjadi Kolonel Purnawirawan.
Tuduhan resmi yang menyatakan dirinya sebagai pemberontak mengacu pada surat rahasia Kejaksaan Agung Nomor Plk. A1/6181/762 yang ditujukan kepada Mahkamah Agung pada tanggal 27 Oktober 1958. Kejaksaan Agung mewakili Pemerintah Republik Indonesia lewat surat tersebut menuduh Kawilarang bersekongkol dengan pemberontak dan mengadakan pertemuan di Singapura tanggal 8 Oktober 1958 yang membahas berbagai cara menghantam Pemerintah Republik Indonesia guna mengacaukan perekonomian Indonesia..
Kawilarang sempat menyatakan dalam biografinya bahwa kehidupannya sebagai tentara berakhir sejak Maret 1958. Banyak pihak yang mengatakan bahwa Kawilarang merasa trauma dengan dunia tentara, terutama saat Kawilarang tidak menyetujui niat putranya, Edwin Kawilarang untuk masuk Akademi Militer di tahun 1973.
Setelah pensiun, Kawilarang tetap aktif dalam komunitas pensiunan militer dan Pepabri atau Persatuan Purnawirawan dan Warakawuri TNI-POLRI dan juga mengajukan proposal untuk mendirikan pabrik tepung terigu di akhir 1960 yang diizinkan Soemitro Djojohadikoesoemo yang menjabat Menteri Perindustrian dan Perdagangan saat itu. Akan tetapi Presiden Soeharto kemudian mengalihkan izin tersebut kepada Bogasari. Kawilarang kemudian menjabat sebagai wakil manajer umum Jakarta Racing Management yang mengelola pacuan kuda di Pulomas pada tahun 1972. Karena itulah kompetisi balap kuda nasional yang diadakan tiap tahun kemudian diberi nama AE Kawilarang Memorial Cup.
Pada tanggal 15 April 1999 Kawilarang memperoleh pengakuan atas jasanya dalam pembentukan Kopassus hingga pada peringatan ulang tahun Kopassus ke-47 yang dilaksanakan di Markas Kopassus Cijantung Jakarta Timur, dirinya diterima sebagai Warga Kehormatan Kopassus dan dianugerahi baret merah serta pisau komando sebagai tandanya.
Kawilarang yang dikenang sebagai tentara asli yang jujur dan tidak main politik menghembuskan napas terakhirnya di Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo Jakarta pada tanggal 6 Juni 2000 saat berusia 80 tahun. Jenazahnya lalu disemayamkan pada Ruang Sudirman, berada di Markas Kodam III/Siliwangi Bandung diikuti dengan pelaksanaan upacara militer yang dipimpin Pangdam III/Siliwangi Mayjen Slamet Supriyadi. Kawilarang pun kemudian dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Cikutra yang terdapat di Bandung.
Sekian biografi Alex Kawilarang yang banyak berjasa dalam kemiliteran bangsa Indonesia, semoga semua jasa serta perjuangannya senantiasa dikenang serta dihargai dengan selayaknya dan semestinya oleh segenap masyarakat Indonesia.
