Namun kemudian Moerdani kembali diakui dalam militer dengan penanganannya membebaskan para sandera dalam pembajakan pesawat Garuda Indonesia Penerbangan 206 di Bandara Don Mueang, Bangkok tanggal 28 Maret 1981. Dengan dasar pemikiran para pembajak tidak diperbolehkan mengintimidasi pilot pesawat untuk terbang ke negara lain, Moerdani didampingi pasukan dari Kopassandha yang sebelumnya bernama RPKAD berangkat ke Thailand. Walau rencananya sempat dihambat Pemerintah Thailand namun akhirnya mereka sepakat mengambil tindakan militer. Moerdani pun kemudian memimpin secara pribadi pasukan Kopassandha dari Bangkok dan memmenyerbu pesawat guna mengambil kendali pesawat sembari menyelamatkan para sandera.
Benny juga terkenal karena berhasil memodernisasi kekuatan ABRI dengan persenjataan yang didatangkan dari mana mana di awal 80-an. Diplomasinya membuahkan hasil datangnya berbagai tank dari Belanda, pesawat tempur dari Amerika dan Israel serta kapal kapal perang dari Korea, Belanda dan Inggris.
Puncak karir militernya terjadi saat Presiden Soeharto menunjuk dirinya menjadi Panglima ABRI dan mempromosikannya menjadi Jenderal di bulan Maret 1983 walau dirinya tidak pernah menjabat Panglima Daerah Militer atau Kodam dan Kepala Staf Angkatan Darat. Moerdani juga ditunjuk menjadi Pangkopkamtib serta mempertahankan posisi di Pusintelstrat yang berganti nama menjadi Badan Intelijen Strategis atau BAIS. Namun berbeda dengan Panglima ABRI Orde Baru sebelumnya, Moerdani tidak memegang Departemen Pertahanan Keamanan.
Berbagai langkah segera diambil Moerdani guna membenahi ABRI, dengan tujuan langsung seperti pemotongan anggaran, peningkatan efisiensi serta peningkatan profesionalisme. Langkah pembenahan tersebut antara lain terkait dengan struktur komando yaitu dengan menghapus Komando Wilayah Pertahanan atau Kowilhan dan mengubah sistem komando daerah untuk Angkatan Darat, Angkatan Laut serta Angkatan Udara.
Langkah lain Moerdani adalah dengan mengurangi porsi kurikulum non-militer Akabri guna meningkatkan kualitas input Akademi sekaligus memperkuat basis nasionalis. Selain itu Moerdani juga mengonsep sekolah menengah atas yang bertugas melatih pemuda Indonesia menjadi anggota kelompok elit nasional, yaitu SMA Taruna Nusantara yang kini ada di Magelang bersama Akademi ABRI. Moerdani juga meningkatkan kerjasama dengan Angkatan Bersenjata berbagai negara ASEAN lainnya.
Salah satu konfrontasi Moerdani dalam biografi Benny Moerdani adalah keterlibatannya dalam menangani demonstran Islam dengan cara kekerasan di Tanjung Priok pada tahun 1984 bersama Panglima Kodam V/Jayakarta. Penanganan demonstrasi tersebut berakhir dengan banyak korban jiwa namun Moerdani mengklaim para demonstran tersebut terprovokasi dan tidak bisa dikendalikan secara damai. Sebagai orang paling kuat kedua secara de facto dalam aspek sosial dan politik di Indonesia saat itu setelah Soeharto, Moerdani pun meningkatkan citranya di kalangan masyarakat Muslim dengan melakukan berbagai kunjungan ke sekolah Muslim seluruh Jawa.
Walaupun dirinya setia pada Soeharto, namun di tahun 1988 hubungannya memburuk, terutama karena Moerdani tegas mengkritik soal korupsi dan nepotisme dalam rezim Soeharto hingga menjadikannya musuh dari Prabowo Subianto yang saat itu adalah menantu Soeharto. Tahun 1988 ini juga merupakan tahun penting baginya karena saat itu digelar Sidang Umum MPR dimana Presiden dan Wakil Presiden terpilih. Bukan cuma Soeharto tidak menginginkan Moerdani menjadi Wakil Presiden, namun Soeharto juga memberhentikan Moerdani dari posisi Panglima ABRI bulan Februari 1988.
Namun Soeharto kemudian mengangkat Moerdani menjadi Menteri Pertahanan dan Keamanan meskipun Moerdani kehilangan sebagian kekuasaannya bulan September 1988 saat Kopkamtib dibubarkan. Hubungan Soeharto dengan Moerdani kembali memburuk dengan munculnya tuduhan Moerdani merencanakan kudeta yang mendorong Soeharto menjanjikan tindakan keras bagi siapa saja yang berani menggantikannya secara inkonstitusional.
Moerdani meninggal dunia di RSPAD Gatot Subroto pada pukul 01.00 WIB hari Minggu, 29 Agustus 2004 di usia 71 tahun akibat stroke dan infeksi paru dan meninggalkan seorang istri, satu putri serta lima cucu. Jenazahnya kemudian disemayamkan di rumah duka dan Markas Besar TNI Angkatan Darat dimana dilakukan upacara penghormatan yang dipimpin Kepala Staf Angkatan Darat, Jenderal TNI Ryamizard Ryacudu. Moerdani pun dimakamkan di hari yang sama di Taman Makam Pahlawan Kalibata dengan Panglima TNI, Jenderal TNI Endriartono Sutarto selaku inspektur upacara.
Demikian informasi singkat terkait biografi Benny Moerdani, semoga jasa dan pengorbanannya terus diingat serta dihormati masyarakat Indonesia.
