Walaupun berbagai negeri di pulau Saparua tersebut terus melakukan perlawanan dengan gigih, namun satu per satu mulai jatuh ke tangan Belanda.
Perang Pattimura yang berlangsung selama kurang lebih 8 bulan itu menyebabkan jatuhnya korban ratusan jiwa tewas dan penangkapan Pattimura oleh pasukan Belanda saat dirinya diajak berunding oleh Belanda namun menolak.
Pada tanggal 16 Desember 1817, Pattimura dihukum gantung oleh Belanda di Benteng New Victoria yang berada di Ambon. Pattimura yang tidak kenal menyerah pun berucap bahwa walau Pattimura-Pattimura tua dihancurkan, namun kelak akan bangkit Pattimura-Pattimura muda. Demi menghormati serta mengenang jasa Pattimura dalam sejarah perang tersebut, pemerintah mengukuhkan dirinya sebagai Pahlawan Perjuangan Kemerdekaan serta mengabadikan namanya menjadi nama Bandara dan juga nama Universitas.
