Pesanan ini tak berjalan mulus. Pasalnya sekutu keburu memporak-porandakan Regensburg. Lokasi pusat pengembangan jet tempur Messerschmitt pun akhirnya dipindahkan ke Oberammergau, sekitar Bavaria. Apesnya lagi, Messerschmitt juga kekurangan tenaga ahli gara-gara pemboman itu. Masalah yang sama juga dihadapi pada pasokan bahan dasar seperti alumunium dan bahan bakar. Akibatnya produksi masalpun terlantar selama berbulan-bulan.
Walau demikian, Me-262 akhirnya diterjunkan juga dalam kancah PD II. Dipergoki pertama kali oleh de Havilland Mosquito RAF (AU Inggris) yang berhasil lolos dari sergapan pada bulan Juli 1944 disekitar Munich. Sejak saat itu kehadiran Me-262 menjadi momok bagi pemburu-pemburu sekutu yang kala itu belum mampu mengimbanginya dari segi kecepatan. Buktinya saat PD II berakhir, hitung punya hitung ada 100-an pesawat sekutu baik pembom maupun pemburu yang jadi korban.
