Ambarawa pun kemudian dibagi menjadi empat sektor, sektor utara, selatan, barat dan timur dimana kekuatan pasukan tempur disiagakan secara bergantian. Pertempuran terus berlanjut sampai tanggal 26 November 1945 Letnan Kolonel Isdiman selaku pimpinan pasukan dari Purwokerto gugur yang mengakibatkan Kolonel Sudirman selaku Panglima dari Divisi V di Purwokerto mengambil alih pimpinan pasukan dan terjun langsung memimpin pasukan.
Puncak perang Ambarawa terjadi di bulan Desember 1945 saat tanggal 5 Desember 1945 pasukan sekutu terusir dari Banyubiru. Hal tersebut membuat Kolonel Sudirman memutuskan untuk mengumpulkan semua komandan sektor setelah dirinya mempelajari situasi medan tempur dan menyimpulkan bahwa sekutu sudah terdesak dan pasukan Indonesia mesti segera melakukan serangan terakhir.