Kunjungan Duterte ke Jepang adalah kali pertama ia mengadakan kunjungan kenegaraan pasca berkomunikasi dengan pihak Beijing soal keinginannya “berpisah dari Amerika Serikat.” Pernyataan tersebut kemudian ia ralat di Tokyo, sembari mengklarifikasi bahwa dirinya hanya membahas kerjasama di bidang ekonomi dengan Tiongkok, dan bukan bidang pertahanan dan keamanan.
Jepang yang notabenenya adalah salah sekutu terkuat Amerika Serikat di Asia Pasifik masih mewanti-wanti kebijakan Duterte yang lebih cenderung ke Tiongkok. Tokyo masih berusaha menyeimbangkan kekuatan politiknya pasca bersengketa dengan Tiongkok soal kepemilikan pulau Senkaku/Diaoyu.
Namun Duterte sangat menghendaki Jepang untuk tetap menjadi sekutu utama Filipina, baik di bidang ekonomi maupun teknologi pertahanan. Duterte menyebut Jepang sebagai “teman spesial yang lebih dekat daripada saudara kandung,” dan berjanji bahwa Filipina akan terus bekerja beriringan dengan Tokyo terutama dalam menyelesaikan sengketa Laut Cina Selatan.
