Kapal perang jenis submarine tender yang kemudian diubah menjadi kapal komando atau kapal markas ini dibangun pada tahun 1961. Selain faktor usia, kapal ini dikenal sebagai kapal yang “istimewa” karena kapal ini dibuat di galangan kapal Ishikawajima Harima, Tokyo – Jepang, menjadi unik karena baik sebelum hingga sesudah kapal ini dibeli dan beroperasi TNI AL tidak pernah lagi membeli kapal dari negeri Sakura tersebut.
KRI Multatuli 561 diawaki oleh 130 orang ABK dan dikomandani oleh Kolonel Laut (P) Anung Sutanto. Kapal perang ini sanggup melaju hingga kecepatan maksimal 18,5 knot atau 34 km/jam.
