Selain itu, kelemahan dari Fatahillah Class adalah pada sistem anti serangan udara. Kapal ini tak memiliki kanon reaksi cepat jenis CIWS (Close In Weapon System), atau bahkan rudal hanud SHORAD (Short Range Air Defence). Dari segi pertahanan udara, Fatahillah Class masih menggunakan meriam Bofors 40 mm yang terpasang di buritan serta dua pucuk kanon Rheinmetall Rh202 20 mm di bagian anjungan, sudah pasti keduanya masih manual.
Meskipun memiliki titik lemah, tetapi korvet produksi Wilton-Fijenoord, Belanda ini telah didesain untuk menangkal serangan rudal anti kapal serta rudal udara ke permukaan yang ditembakkan dari pesawat tempur. Berdasarkan informasi, Fatahillah Class membawa 2 x Knebworth Corvus 3-tubed launchers.
Lebih tepatnya Knebworth Corvus launchers merupakan sistem pengecoh rudal berupa peluncur chaff hasil pabrikan Vickers Ltd Shipbuilding Group. Cara kerjanya Chaff dispenser yang ditembakkan dari roket akan membentuk semacam ‘perisai’ di sekitar kapal. Sistem ini memiliki two multi-barrelled rocket launchers, panel kendali penembakkan, serta chaff (radar countermeasure). rockets.
Sistem perisai pengecoh serangan rudal yang terbilang quick reaction ini memberikan mode operasi gangguan (distraction) serta sentroid, dengan keduanya berbeda satu sama lain dalam sudut azimuth ketika ditembakkan dan jangkauan ketika chaff dilepaskan. Panel penembakan serta kendalai berada di Pusat Informasi Tempur (PIT).
