Namun ketentraman yang dirasakan rakyat berakhir saat Belanda mengambil alih kembali kekuasaan atas kepulauan Maluku tersebut di bulan Maret 1817 dan membangun kembali birokrasi yang telah mereka terapkan sebelumnya di kepulauan tersebut.
Belanda yang sedang berjuang mengatasi krisis keuangan akibat peperangan di Eropa terpaksa mengeluarkan uang kertas guna dipakai dalam perdagangan dengan penduduk lokal dimana dalam pelaksanaannya menimbulkan masalah di kemudian hari. Belanda mewajibkan rakyat menerima uang kertas dalam transaksi di toko Belanda namun Belanda sendiri memaksa rakyat membayar pakai uang logam zaman VOC dan menolak uang kertas. Kecurangan Belanda tersebut menjadi salah satu pemicu kemarahan rakyat selain diberlakukannya kembali sistem monopoli perdagangan ala VOC, pemberlakuan kembali kerja rodi serta diberlakukannya Pelayaran Hongi yaitu monopoli rempah dan Hak Ekstirpasi atau hak memusnahkan pohon pala dan cengkeh yang tidak ikut aturan monopoli.
Sejarah Perang Pattimura di Maluku
Kondisi memprihatinkan rakyat semasa pendudukan Belanda tersebut mendorong digelarnya berbagai pertemuan rahasia dengan tujuan mencari jalan keluar dari kondisi tersebut. Salah satunya adalah pertemuan yang dilakukan di Pulau Saparua yang di kemudian hari menjadi cikal bakal perang Pattimura.
Bulan Mei 1817, Thomas Matulessy yang merupakan mantan prajurit didikan Inggris dan sudah kembali ke kampung halam di Haria, pulau Saparua, mengadakan pertemuan rahasia dengan rekan lain yang pernah menjadi milisi Inggris, seperti Philip Latumahina, Thomas Pattiwael, Anthony Reebok serta Christina Martha Tiahahu..
Para pemuda pun mendaulat Thomas Matulessy sebagai pemimpin mereka untuk melawan Belanda serta memberi gelar Pattimura, yang dianggap mengandung kharisma karena pernah dipakai para nenek moyang Matulessy yang berasal dari Seram.
Topik utama mereka saat pertemuan tersebut antara lain membahas berbagai keluhan rakyat serta kesewenangan pemerintah, terutama Residen Saparua yaitu bangsawan muda bernama J. R. van den Berg yang menjabat posisi tersebut karena pamannya seorang pejabat di Belanda. Berg menempati Benteng Duurstede, benteng yang dibangun di abad XVII dan terletak di kota Saparua. Benteng ini dianggap sebagai simbol kelaliman pemerintah Belanda oleh rakyat setempat.
Saat mengadakan pertemuan tanggal 14 Mei 1817, para pemuda memutuskan untuk merebut Benteng Duurstede dan membunuh Residen Saparua, J. R. van den Berg. Berbekal pengetahuan militer yang mereka dapatkan saat menjadi milisi Inggris, Pattimura bersama rekan-rekannya semangat merencanakan penyerangan tersebut.
Penyerangan mereka berbuah kemenangan saat mereka berhasil merebut Benteng Duurstede dan terbunuhnya Berg dan istri, hanya anak kecil keluarga Berg yang selamat karena dilindungi Pattimura dan diserahkan ke pihak Belanda di kemudian hari.
Kejatuhan Benteng Duurstede tersebut memunculkan reaksi di kalangan pejabat Belanda di kota Ambon dan pimpinan militer di Ambon kemudian mengirim ekspedisi militer yang terdiri dari 300 prajurit pimpinan Mayor Beetjes dengan tujuan merebut kembali benteng. Rombongan pasukan yang dikirim tersebut tidaklah sendiri, namun dikawal dua kapal perang, Eversten dan Nassau.
Pattimura sudah mengetahui kedatangan pasukan Belanda tersebut dan menghadang mereka di bibir pantai saat pasukan ekspedisi tersebut mendarat. Penyergapan pasukan Pattimura tersebut memaksa pasukan ekspedisi mundur dan berniat melarikan diri. Namun perahu mereka telah hanyut hingga akhirnya mereka pun tidak berdaya, bahkan Mayor Beetjes pun tewas saat itu.
