Ki Hajar Dewantara menghembuskan napas terakhirnya di usia 69 tahun pada tanggal 26 April 1959 di kota kelahirannya dan dimakamkan di Taman Wijaya Brata yang berlokasi di Yogyakarta.
Sebagai seorang aktivis pergerakan kemerdekaan Indonesia, politisi, kolumnis, terutama pelopor pendidikan bagi kaum pribumi Indonesia, Ki Hajar Dewantara diberikan beberapa penghargaan oleh pemerintahan Indonesia.
Salah satunya adalah pengukuhan Ki Hajar Dewantara sebagai pahlawan nasional yang kedua pada tanggal 28 November 1959 oleh Presiden Republik Indonesia, Ir. Soekarno yang didasarkan pada Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 305 Tahun 1959. Penghargaan lainnya adalah dengan diabadikannya nama Ki Hajar Dewantara sebagai salah satu nama kapal perang Indonesia, yaitu KRI Ki Hajar Dewantara dan juga dengan diabadikannya potret dirinya pada uang kertas pecahan 20.000 rupiah tahun edisi 1998.
