Dalam konsep desain awalnya, kapal ini rencananya dipergunakan sebagai kapal tender untuk perbekalan kapal selam, atau biasa disebut dengan istilah Submarine tender. Seiring berjalannya waktu, kapal ini kemudian dikonversi menjadi kapal komando untuk operasi tempur armada, atau biasa disebut dengan istilah Fleet command ship. Pada tahun 1998, kapal ini kembali dirombak dengan adanya penambahan Hangar untuk menampung unit helikopter milik Pusat Penerbangan TNI Angkatan Laut atau Puspenerbal.
Kiprah KRI Multatuli 561
Didatangkan pada medio tahun 60-an, tentu usia kapal perang legendaris ini tidak dapat dibilang muda. Meski usianya tak lagi muda, kapal ini nyaris tidak pernah diekspose media. Kiprah – kiprah kapal ini pun sulit untuk ditelusuri. Dari upaya penelusuran tim HobbyMiliter.com, terkumpul penggalan kisah – kisah tentang kiprah kapal perang jenis Fleet command ship ini.