Sumber : swarabanten
Pindah Ke Pulau Jawa
Akibat kemunculannya pada tanggal 17 Agustus 1947 dalam memimpin upacara bendera di Manokwari dimana bendera Merah Putih milik Indonesia dikibarkan sebagai peringatan 2 tahun kemerdekaan Indonesia, Silas Papare kembali dipenjara oleh pemerintah Belanda di Serui, meskipun pada akhirnya ia dibebaskan atas desakan Alwi Rachman, dan warga lokal Serui lainnya.
Pemerintah Belanda kemudian kembali membawa Papare ke Biak dengan alasan bahwa ia telah mengalami hilang ingatan. Menggunakan alasan yang sama, ia berhasil menipu pemerintah Belanda dan akhirnya bisa berangkat ke Pulau Jawa. Di Yogyakarta, pada bulan Oktober 1949, Papare mendirikan Badan Perjuangan Irian dan kemudian ia juga turut berangkat menghadiri Konfrensi Meja Bundar sebagai perwakilan dari Partai Kemerdekaan Indonesia Irian.
Diantara tahun 1951 hingga 1954, Silas Papare bekerja di beberapa rumah sakit di Jakarta sebelum ia ditunjuk menjadi anggota Dewan Perwakilan Rakyat Sementara (DPRS) untuk menggantikan posisi Rajiman Wediodiningrat. Ia sempat mengemban jabatan sebagai Komisioner dalam sebuah Biro Irian yang dibentuk pemerintah pusat Republik Indonesia untuk memperjuangkan dan membantu proses integrasi Papua kedalam wilayah kedaulatan Republik Indonesia dan membentuk embrio awal pemerintahan provinsi Papua dibawah jabatan seorang Gubernur.
Niat Silas Papare untuk menjadi Gubernur provinsi Papua dimasa depan tidak dapat direalisasikan setelah Biro Irian dibubarkan dan diganti menjadi Pemerintah Provinsi Papua pada tahun 1957. Ia kemudian kembali ditugaskan untuk menduduki jabatan sebagai anggota DPRS pada tahun 1956 sebagai salah satu perwakilan dari Papua. Ia menduduki jabatan sebagai anggota parlemen RI tersebut hingga akhirnya pensiun pada tahun 1960.
Kontribusi besar Silas Papare bagi Indonesia yang dapat disebut sebagai “kontribusi terakhir” dalam upaya mendukung kemerdekaan Indonesia yang seutuhnya adalah saat ia dikirim ke Amerika Serikat pada tahun 1962 yang pada akhirnya menghasilkan Perjanjian New York yang berisi detail teknis penyerahan kedaulatan Papua Barat dari tangan Belanda ke tangan Indonesia secara bertahap.
